Naantalin musiikkijuhlasäätiön toimielimiä ovat valtuuskunta, hallitus ja hallituksen alainen työvaliokunta.

Taiteellinen johtaja

Arto Noras

Toiminnanjohtaja

Tiina Tunturi

Valtuuskunta

toimitusjohtaja Mikko Rönnholm, puheenjohtaja
rouva Eeva Ahtisaari
presidentti Martti Ahtisaari
yo-merkonomi Leena Grönlund
vuorineuvos Jaakko Ihamuotila
rehtori Jarkko Kanerva
puolustusvoimain komentaja Juhani Kaskeala
toimitusjohtaja Keijo Ketonen
toimitusjohtaja Tapio Kuula
varatuomari Olli Kyrki
maanviljelysneuvos Risto Lindroos
VM Paavo Lipponen
varatuomari Sauli Niinistö
kohdepäällikkö Jouko Numminen
toiminnanjohtaja Hanna Nurminen
koneasentaja Paavo Pensamo
vuorineuvos Risto Rinne
säveltäjä Aulis Sallinen
professori Mika Scheinin
rehtori Keijo Virtanen
yhteyspäällikkö Martti Sipponen, sihteeri

Hallitus

koulunjohtaja Pekka Ritvanen, puheenjohtaja
laitosmies Urpo Alho
FK Heini Jalkanen
rehtori Jorma Kauppila
professori Arto Noras
KM Sanna-Maria Tammilaakso
kaupunginkamreeri Juha Heinonen, asiantuntijajäsen

Työvaliokunta

professori Arto Noras, puheenjohtaja
hammaslääkäri Arja Aarola
rehtori Jorma Kauppila
sivistystoimenjohtaja Irmeli Myllymäki
toimitusjohtaja Tarja Rautiainen
koulunjohtaja Pekka Ritvanen
toiminnanjohtaja Tiina Tunturi